El equipo dirigido por el exherculano Paco López se siutúa decimosexto en la tabla con dos victorias, dos empates y tres derrotas en su haber.
El filial del submarino amarillo fue fundado en el año 1999, y empezó a competir en divisiones regionales. Tras cuatro temporadas en divisiones muy humildes, el filial groguet dio el salto a la tercera división en la temporada 2003-04.
En su primera temporada en la cuarta categoría del fútbol español logró una más que sorprendente tercera posición, eso significaba que jugaría los playoff de ascenso a segunda B, en los que caería frente al CF Badalona en la final. Tres temporadas después, el equipo amarillo ocupó la segunda posición y consiguió el ascenso a segunda B, tras eliminar al Club Deportivo Mirandés por un global de 4-3.
En su primera temporada en la categoría de bronce logró el puesto 11, y un año después acabó segundo y se clasificó para los playoff. El filial groguet consiguió ascender a segunda, tras vencer en el Nuevo Estadio de La Victoria al Real Jaén por 1-2 en la última eliminatoria del playoff. La siguiente temporada debutaría en el fútbol profesional.
La temporada 2009-2010, de grato recuerdo para nuestra afición, el equipo castellonense jugaba su primera temporada en segunda, y el que era único filial esa temporada en segunda, ocupaba la séptima plaza en la clasificación. El Hércules se enfrentó al equipo de Castellón en dos ocasiones: en la ciudad deportiva de Villarreal, en la tercera jornada de liga, el filial se llevó la victoria por 1-0. En el partido de vuelta, el equipo que dirigía Paco Herrera visitó el Rico Pérez y cayó por 4-2. El cuadro del boquerón Esteban ganó con autoridad con goles de Farinós, Kiko y con un doblete de Sergio Rodríguez.
Dos temporadas después, cuando el Hércules descendió a segunda división, el mini submarino ocupó la duodécima plaza pero descendió a segunda, ya que el primer equipo descendió a segunda esa misma temporada. El equipo que dirigió Molina y que más tarde cogió Velázquez perdió frente al Hércules en Villarreal por 0-1 con un gol de Urko Vera en el minuto 90. En el partido de vuelta en el Rico Pérez el filial se llevó la victoria por 0-2.
Las temporadas 2012-2013 y 2013-2014 las disputó en Segunda B, logrando la novena y la undécima posición respectivamente.
El equipo de Paco López, que la temporada pasada dirigió al Villarreal C en tercera, llega al Rico Pérez en decimosexta posición pero con un partido menos, el que deben de disputar frente al Badalona, que en su momento se aplazó por el mal tiempo. El pichichi del equipo es el centrocampista Jason, que ha anotado dos goles, y que la temporada pasada jugó en el filial del Levante.
Todo indica que el filial del submarino formará con el ex canterano del Barça Miguel Bañuz en portería, la defensa la formarán Blázquez, Felipe, Tano e Israel Puerto; los cuatro centrocampistas serán Jason, Marcos, Fran Sol y Anton Shvets, mientras que la dupla de la delantera la formarán Cubillas y el argentino Nahuel Leiva.
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